Священномученик Александр Косьмич Флегинский родился 19 февраля (04 марта) 1861 года в семье священника Косьмы Флегинского.

В 1883 году Александр окончил Ставропольскую духовную семинарию, получив место псаломщика при Казанском соборе города Ставрополя. В этом же году он был рукоположен в сан диакона, а затем священника епископом Кавказским и Екатеринодарским Германом (Осецким) и определён к храму святого мученика Лонгина сотника станицы Ключевой Кубанской области. В 1885 году отец Александр был переведён в станицу Красногорскую, где занимал должность окружного миссионера, а затем и окружного духовника в благочинии. За усердную многолетнюю службу Церкви он был награждён набедренником, скуфьей, камилавкой и золотым наперсным крестом.

Помимо приходских трудов отец Александр принимал активное участие в епархиальной жизни и был членом Ставропольского епархиального церковно-археологического общества, являвшегося первым церковно-научным учреждением на Северном Кавказе.

04 (17) февраля 1908 года он был переведён в станицу Георгие-Афипскую и назначен благочинным 17 округа. Овдовев в 1911 году, он вплоть до своей кончины жил вдовцом. Как благочинный, отец Александр представлял интересы духовенства округа в качестве делегата на общеепархиальных съездах священнослужителей, принимал участие в работе съездов духовенства Екатеринодарского училищного округа, ревизировал деятельность городского духовного училища.

После февральского переворота 1917 года настало время тяжких испытаний для страны и Церкви. Вспыхнула гражданская война, охватившая всю Кубань и Северный Кавказ. В марте 1918 года разрознённый большевистский отряд захватил станицу Георгие-Афипскую, силой установив советскую власть. По станице прокатилась волна безудержного насилия, начались скорые расправы с представителями "царского режима, угнетавшими трудовой народ". В это же время был схвачен и убит большевикамии отец Александр.

В "Обращении Церкви Екатеринодарской к христианским Церквям всего мира", опубликованном 25 марта (07 апреля) 1919 года в газете "Вольная Кубань", о случившейся трагедии кратко сообщалось следующее: "в станице Георгие-Афипской священник отец Александр Флегинский был изрублен в куски". После освобождения Кубанской области от большевиков началось расследование обстоятельств гибели отца Александра Особой следственной комиссией по расследованию злодеяний большевиков, состоящей при главнокомандующем вооруженными силами на Юге России.

26 марта (08 апреля) 1919 года члены Особой комиссии произвели осмотр делопроизводственных документов Кубанского епархиального совета и выявили часть рапортов на имя епископа Кубанского Иоанна (Левицкого), в которых «об убийствах большевиками лиц духовного звания не содержится описания обстоятельств, при которых произошли эти убийства". В их числе был рапорт благочинного 17 округа от 17 декабря (30 декабря) 1918 года об убийстве священников станиц Ключевой Моисея Тырышкина и Георгие-Афипской Александра Флегинского. О времени смерти отца Александра позднее свидетельствовал инспектор Георгие-Афипского двухклассного начального смешанного училища А. Бельский, который указывал, что "законоучитель священник Александр Флегинский скончался в марте месяце 1918 года".

На основании собранных материалов члены Особой комиссии в одном из следственных документов об обстоятельствах смерти отца Александра в краткой форме писали: "Флегинский Александр, священник станицы Георгие-Афипской Кубанской Области. Избит с бесконечными глумлениями, выведен был за станицу и убит. Тело его было найдено много времени спустя".

Весть о гибели кубанского благочинного широко распространилась в епархии, и, даже несмотря на отсутствие постоянного сообщения из-за продолжавшихся до августа вооружённых столкновений красноармейцев с частями Добровольческой армии, в 1918 году стала известна в городе Ставрополе.

Указанные выше сведения об обстоятельствах смерти находят своё подтверждение в заявлении делегата Ставропольско-Кубанского епархиального собрания священника Иоанна Гревцова, которое было подано 13 (26) сентября 1918 года в канцелярию Всероссийского Освященного Церковного Собора в связи с формированием Собором списка лиц, пострадавших за веру и Церковь.

После освобождения станицы Георгие-Афипской от большевиков Добровольческой армией в августе 1918 года, растерзанное тело отца Александра было обнаружено за пределами станицы спустя семь месяцев после убийства. Эти данные подтверждает следственная комиссия и метрическая запись об отпевании отца Александра в Александро-Невском войсковом соборе города Екатеринодара, где датой смерти является 24 марта (06 апреля), а датой отпевания и погребения 18 сентября (01 октября) 1918 года.

После того как тело отца Александра было найдено, вероятно, его сын Владимир, занимавший должность судебного следователя 2-го участка Сальского округа Новочеркасского окружного суда, вывез в город Екатеринодар, где приготовил к христианскому отпеванию и погребению.

Отпевание состоялось 18 сентября (01 октября) 1918 года в Александро-Невском соборе при стечении большого количества духовенства 17 благочиния Кубанской области, которое много лет возглавлял отец Александр, о чём было засвидетельствовано записью в метрической книге собора. Похоронили отца Александра на городском Екатеринодарском (Всехсвятском) общем кладбище.

В настоящее время в Георгиевском храме посёлка Афипского Северского района (бывшей станицы Георгие-Афипской) чтится память о бывшем настоятеле этого храма священнике Александре Флегинском. В 2015 году могила отца Александра была обнаружена. К сожалению, надгробие на могиле было разрушено, сохранился лишь фундамент. Усердием прихожан и настоятеля Афипского Георгиевского храма оно было восстановлено в 2017 году.

На заседании Священного Синода 4 мая 2017 года имя священномученика Александра было включено в состав Собора новомучеников и исповедников Церкви Русской с установлением особого дня памяти 6 апреля.

19 сентября 2017 года, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, на Всесвятском кладбище города Краснодара были обретены святые мощи священномученика Александра. Спустя два месяца, 18 ноября, за всенощным бдением в Екатерининском кафедральном соборе города Краснодара святые мощи были торжественно изнесены для почитания верующим.

По благословению митрополита Исидора, мощи священномученика Александра постоянно почивают в Екатерининском кафедральном соборе города Краснодара, а частица передана в Георгиевский храм поселка Афипского Северского района, на территории которого служил и был казнен святой.

Священномучениче отче Александре, моли Бога о нас! (источник)

О избранниче и угодниче Христов, священномучениче Александр, Церкве Русския столпе непоколебимый, земли нашея благое прозябение и красный плод, сродников твоих предстателю и наставниче!

Ты во время гонения безбожнаго от сокровищницы души твоея спасительное исповедание Православныя веры изнесл еси, и людем верным пастырь добрый явился еси, душу твою за Христа и Его овцы полагая и лютыя волки далече отгоняя.

Ныне убо призри на нас, недостойных чад твоих, умиленною душею и сокрушенным сердцем тя призывающих.

Умоли Господа Бога, да простит согрешения наша и избавит от адовых уз и вечнаго мучения.

Утверди нас в вере святой, научи нас всегда творити волю Божию и хранити заповеди церковныя.

Буди пастырем нашим - правило веры, воином - вождь духовный, болящим - врач изрядный, печальным - утешитель, гонимым - заступник, юным - наставник, всем же благосердый отец и теплый молитвенник, яко да молитвами твоими соблюдется в Православии Святая Русь и непрестанно славится в ней имя Пресвятыя Троицы, Отца и Сына и Святаго Духа во веки веков. Аминь.

Церкве Русския столпе непоколебимый,/ благочестия правило,/ жития евангельскаго образе,/ священномучениче Александре,/ Христа ради пострадавый даже до крове,/ Его же моли усердно,/ яко Начальника и Совершителя спасения,/ Русь Святую утвердити в Православии// до скончания века.

Восхвалим, вернии,/ изряднаго во священницех/ и славнаго в мученицех Александра,/ Православия поборника и благочестия ревнителя,/ земли Русския красное прозябение,/ иже страданием Небесе достиже/ и тамо тепле молит Христа Бога// спастися душам нашим.

Величаем тя,/ священномучениче Александре,/ и чтим честная страдания твоя,/ яже за Христа/ во утверждение на Руси Православия// претерпел еси.